酵素菌堆肥，是一种通常用作基肥的肥料。酵素菌肥料按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥；酵素菌叶面喷肥；酵素菌粒状肥和液体肥三大类。
　　酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能够控制土壤的各种病害传播，克服作物的重茬病害，并能产生大量的腐殖质，改善土壤的理化性状；能够增强土壤的保水保肥能力，提高地温，对各种保护地栽培的作物十分有利。
       作物重茬专用肥是一种土壤活化剂和杀菌剂，不但能培肥地力，还能产生大量抗菌素，起到杀菌灭虫作用，能解决作物的重茬(烂根)问题。果园和蔬菜地使用一般用作基肥。
        酵素菌叶面喷肥又称黑砂糖农药。主要肥能改善农产品品质，施用后，可以克服过量氮引起的植株障碍，促进光合作用，消除由于不良天气对作物造成的减产或病害流行。
        高效粒状肥即把豆饼粉、油渣等优质原料，骨粉、鸡粪等优质动物原料以及页岩等矿物质材料经过处理，接入酵素菌种，经过发酵，按一定生产工艺配合化学肥料制成的肥料。可根据需要生产各类作物用肥。大部分作基肥施用，施用量：夏白菜每亩50公斤、秋白菜每亩50～60公斤，均于播种前条施入埂内，在投入成本一致的情况下比施用二铵增产5%～7%。用作追肥，在白菜莲座期、结球始期分别追施20公斤、30公斤。注意施后要覆土、浇水。 
       酵素菌液体肥施入土壤后，能促进作物根系生长，增强根的活力，特别是重茬地或者是土壤板结、病虫害严重的地块，施用后效果尤为显著。
         酵素菌肥料要正确使用，下面智慧农业网具体来讲解一下：
注意事项 
      （1）不可和杀菌剂混用。
      （2）酵素菌肥属于生物肥料，应存放在阴凉处，不可暴晒。 
      （3）酵素菌肥不能和其他化学肥料混合使用（如尿素、碳铵、硫铵等），以免杀死菌体细胞，影响增产效果。 
      （4）作为追肥使用时，应早施（比平时提前7天左右），以利于肥料内生物体充分与土壤结合。同时应保持足够的土壤湿度。 
酵素菌使用
         酵素菌目前是一种新型产物，目前主要是被用来应用在农业种植行业中，做为基肥用的。这是因为酵素菌是由细菌、放线菌和酵母菌组成的有益微生物群，具有很强的发酵分解能力，提高农作物产量，改善农产品品质，控制病虫害发生。
        酵素菌可以大田撒施，也可以翻耕，可以让肥料与耕层土壤混合，但是在使用的时候需要注意一点，就是要避免太阳光的直射。如果要作为育苗基质的话，每吨营养土添加酵素菌肥250公斤。而叶菜类每亩酵素菌肥用量为100—150公斤，果菜类、甘蔗、西瓜、茶叶等每亩200—250公斤，果树每株用量5—8公斤。并根据不同土壤和作物补施氮、磷、钾化肥。
       在施用酵素菌的时候，一定要记得地点、温度、时间以及用量等都是使用过程中应该注意的问题，只有合理的施用才能达到最好的效果。